Uma organização secreta, chamada Mithril, tenta impedir um terrorista conhecido como Gauln, de conseguir aprisionar os "Whispered", pessoas que conhecem e experimentam visões onde lhes são mostradas tecnologias Black Technology, acima do nosso tempo (uma espécie de super-dotados), dando assim, poder para quem conseguir obter as informações de dentro de suas cabeças. É aí que entram os personagens principais. O Sargento Sousuke Sagara, o protagonista, junto com dois de seus camaradas, tem que se infiltrar na escola de Kaname Chidori e impedir a sua captura pela organização de Gauln.
