A história se passa no mesmo universo oficial de Code Geass como o anime, mas em uma era diferente. O protagonista é Renya, um menino de 17 anos de idade, com um braço esquerdo mecânico. A história começa quando ele encontra uma misteriosa e permanentemente jovem bruxa, chamado "Reifu CC" ou C.C. que aparece na histórica era Edo do Japão para buscar um novo parceiro para a aliança. Enquanto isso, um homem misterioso, com uma notável semelhança com a personagem Lelouch do anime original também aparece com intenções desconhecidas.
